Die Ergebnisse der Aktivitäten der Kommission wurden zunächst in der Publikationsreihe „Neue Forschungen zur Brandenburg-Preußischen Geschichte“ Band 1-9 (1979-1988) veröffentlicht. Seit 1991 hat die Kommission die Zeitschrift „Forschungen zur Brandenburgischen und Preußischen Geschichte“ wiederbegründet, deren Erscheinen 1944 mit dem 55. Jahrgang eingestellt worden war. Hinzu treten Beihefte. Die Kommission gibt ferner eine Schriftenreihe mit dem Titel „Quellen und Forschungen zur Brandenburgischen und Preußischen Geschichte“ heraus, in der Monographien zum Thema der Gesamtgeschichte Preußens veröffentlicht werden. Die Reihen werden von Wolfgang Neugebauer (Humboldt-Universität zu Berlin, Lehrstuhl für Preußische Geschichte) und Frank-Lothar Kroll herausgegeben und erscheinen im Verlag Duncker & Humblot (Berlin).

Inhaltsübersichten und Bestellmöglichkeit zu den Publikationen der Kommission:
Forschungen zur Brandenburgischen und Preußischen Geschichte (Neue Folge)
Forschungen zur Brandenburgischen und Preußischen Geschichte (Beihefte)
Quellen und Forschungen zur Brandenburgischen und Preußischen Geschichte